最短の結論
server の指定を消して pool だけ書けば良い。pool は DNS ラウンドロビンしているドメイン名を指定すれば、返ってくるIPアドレスをすべて同期先に登録する (複数 server を書くのと同じ)
pool ntp.jst.mfeed.ad.jp iburst
確認
状態の確認は ntpq -p
watch ntpq -p
offset が上位サーバとのズレ (ms)。
http://www.jst.mfeed.ad.jp/others/01.html を見ると、mfeed の時点で ±2msぐらいのずれはあるようなのであんまり気にしても負け。
ネットワーク的な近さ
うちでは ntp.nict.jp よりも mfeed のほうが近い (7〜8ms 6hop)。mfeed は st=2 だが、nict と mfeed は専用線接続 (インターネットを経由しない) なので外乱なしで安定している。
ちなみに IPv6 より IPv4 のほうが traceroute6 的には hop 数がすくなかったけど、DS-Lite で transix (mfeed) まで IPv6 トンネル貼ってるからで、基本的には IPv6 のほうが近い気がする。ただ、IPv6 では DNS ラウンドロビンしているホスト名がないので pool は使えず、server ですべてのサーバを指定する必要がある。