xmllint っていうツール使うと、改行やらインデントのない XML を綺麗にできる。このツールどこで入れたか知らないけど（というか cygwin からでしかないけど）自分の環境では既に入ってた。たぶん libxml2 を入れれば勝手に入ると思う。
これはちゃんと実装されているので安心して使えるかとー。例えばテキストノード内ではインデントしないとか、そんな感じ。
xmllint --format input-filename > output-filename
xmllint による XML の再インデント
