実行コンテキストの違い
Cordova は file: で実行される。Capacitor は http: (Android) で実行される。
この違いは案外大きい。ESM (type="module" などでロードされる ECMAScript Modules) は application/javascript でなければ実行されないという厳格なルールがあるが、file:// ではすべてのファイルに mime-type が設定されないため、実行できない。回避する方法は結局のところ localhost にサーバを立てるぐらいしかない。この点だけでももう Cordova は厳しい。
アプリケーションの本体はどこに…
Cordova はビルド時に必要なソースコードを生成する。このため実際のビルドは必ず cordova コマンドを介す。
Capacitor はソースコードのスキャフォルドを最初に生成する。レポジトリには各プラットフォームの完全なプロジェクトが生成される。このため、実際のビルドは Android Studio や Xcode など、ネイティブな環境で行われる。