UTF-8 (BOM) じゃないとだめ。BOM がないと文字化けする。
あとあってもファイルサイズが大きいと落ちる? よくわかんないけどクラッシュしまくる。

nkf --overwrite -w filename.txt (BOM 無し)
nkf --overwrite -w8 filename.txt (BOM 付き)