E4X はデフォルトだと pi ノードを無視する。無視してほしくないときは

XML.ignoreProcessingInstructions = false;

する必要がある。でもって、これ true にしようが false にしようが

xml = <?xml-stylesheet href=""?>
      <window/>;

みたいなのは syntax エラーなので、こうする必要がある。

xml = <>
	<?xml-stylesheet href=""?>
	<window/>;
</>;