String.prototype.replace は正規表現じゃないと ignore case しつつ global マッチとかできないけど、JavaScript には RegExp.escape 的なものがないのでメタ文字が問題になる。

var escaped = 'f[oo'.replace(/[\s\S]/g, function (_) {
    return '\\u' + (0x10000 + _.charCodeAt(0)).toString(16).slice(1)
});

'F[oobarf[oof[oo'.replace(new RegExp(escaped, 'gi'), 'xxx');

たぶんこれでいける?っぽい。正確にはメタ文字のエスケープではなくて、全部エスケープしてメタ文字を無効化しているだけですね。

ignore case しなくてよくて、search が空文字列に絶対ならないなら

'f[oobarf[oo'.split('f[oo').join('xxx');

とかもいいのかな。どんなケースでもうまくいくかまでけんしょうしていないです。(頭まわってない)