現状では対処策はないので諦めるしかない。

ref.
https://github.com/RogueAmoeba/Soundflower/issues/19

  1. Audio MIDI 設定で機器セットを作り、使うデバイスをまとめる
  2. クロックソースを適当に設定する
  3. 「音ずれ補正」のチェックを全部はずす

をやるとプチプチノイズがなくなる