いままでハマったことがなかったのだけど、ついにハマってしまった。
補助グループ権限もつけてくれるsetuidgidのようなもの - (ひ)メモ を読んで、どうするかな〜と思いつつsetusergroupsを試してみたが、Unix::Groups がデフォルトで入っておらずちょっと困ったので python で以下のようにした。

#!/usr/bin/python

import os
import sys
import pwd

if len(sys.argv) < 3:
    print >> sys.stderr, 'Usage: setusergroups user program'
    sys.exit(1)


pw = pwd.getpwnam(sys.argv[1])
pw_name = pw[0]
pw_uid = pw[2]
pw_gid = pw[3]
pw_home = pw[5]

os.environ['HOME'] = pw_home
os.initgroups(pw_name, pw_gid)
os.setgid(pw_gid)
os.setuid(pw_uid)
os.execvp(sys.argv[2], sys.argv[2:])

エラると例外で落ちてトレースバックがでて十分なので特にエラー処理してな

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3. daemontoolsのsetuidgidが補助グループ (supplementary groups) 権限をつけてくれない問題 (python)